Taze sütlerden şirden maya ile elde edilen telemeler, önce geleneksel sulu haşlama yöntemiyle pişirilir. Pişirme esnasında sadece kaya tuzu kullanılan peynir ilave koruyucu ve katkı maddesi içermez.
Kelle kaşar yapımında kullanılacak telemelerin haşlanmasından sonra, ustalar kaya tuzu ile yoğurma işlemi yapar. Yoğurmadan sonrası, kaşar hamuru kalıplara dökülür. Kalıplardan çıkan kaşar Toprak altına konumlandırdığımız peynir dinlendirme odalarında kaya tuzunun peynir yüzeyine serpilmesi ile yaklaşık 2 ay kadar olgunlaştırmaya alınır. Kelle kaşar , bu hâliyle paketlenerek son halini alır.
Dinlendirme sonrası peynir altı suyunun peynirden tamamen uzaklaştırılmasıyla ısı işlemine tutulan hamur biraz daha sert ve kuru bir lezzete sahip olur. Kelle kaşarı, göbek kaşardan ayıran özellik işte bu tat ve aromada gizlidir.